Aunque en principio los motores de búsqueda no saben JavaScript si que son capaces de leer e interpretar parte del código, por lo que no es recomendable usar este tipo de redirecciones.
En caso de ser necesaria una redirección, es recomendable hacer una Redirección 301 mediante código en el lado del servidor o con una directiva en el archivo “.htaccess” de Apache.
Fuente: Javier Casares